20 Novembre - fin de semaine, bonne semaine

Entre hier et aujourd'hui fini article 168 et 170, ai classé/ imprimé tous les nouveaux articles et même trouvé des livres ;) (que je vais LIRE bien sûr xD)

Ai enregistré mes données sur mon disque dur portable et le serveur distant ;)

Fait bilan de la progression de la partie...

Dois artiller la lecture d'articles en début de semaine prochaine afin de faire une session 1 journée = un brouillon de toute la partie classification. Why not?

Pourquoi pas une nuit blanche aussi? ça marchait pas mal à l'époque de l'école ça, les nuits blanches. Tellement d'heures tranquilles devant soi, pas de lumière, pas de bruit, pas de vie, le cerveau déjà branché sur la cinquième de manière naturelle... humpf.

A voir aussi si ma dizaine d'articles restants me fait apparaître de nouvelles références à lire... où mettre la limite? est-ce seulement un mot dont je saisis le sens?

On coupe les moteurs et on file dans le hamac sur le pont, de retour derrière la barre dès Lundi 7h!

17 Novembre

 1h de thèse de moins aujourd'hui, c'était les courses vitales des 15 jours.

-Ai fini de chercher les articles manquants que j'avais en vue : 3 d'entre eux sont ... des livres. humpf. Même Sci-hub ne peut rien pour moi. ça justifierait presque un trip à Paris.

-Mais oh joie, il faut encore les imprimer.... (imprimante compliquée)(ai-je assez de feuilles?)(évidemment j'en ai pas acheté ce matin)

-Ce que je ferai après avoir mis en ordre Zotero qui a besoin de moi pour créer les références des articles scannés... bien sûr j'ai laissé traîner cette tâche la dernière fois, ai perdu le fil, et dois tout checker à la main : est ce que les pdf que j'ai dans mon dossier "articles de ma base de données" sont bien mis dans Zotero? :D
Toutes ces choses qui servent à rien mais qui sont indispensables...

COMME CETTE THESE

mew.

j'ai fini zotero et j'ai presque fini d'imprimer... parce que mon imprimante boude.

16 Novembre - 5 heures pour boucler un article : D

L'article 156 est enfin bouclé  : vocabulaire éclairci, mots manquants recopiés, articles dans lequel il est cité ratissés et pour certains d'entre eux, téléchargés ; Mes questions et ma vision des choses s'affinent.

Le Bionominalisme? Il considère les espèces virales non pas comme des taxons, i.e. des constructions intellectuelles, mais comme des objets concrets, qui évoluent dans le temps ;
Bon autant dire que c'est n'importe quoi, mais c'est pas comme si j'avais besoin de disserter là dessus. En tous cas c'est incompatible avec toutes les classifications proposées aujourd’hui donc whatever.

Pf, comme si s'engueuler sur la classification était déjà pas assez, il faut se figurer qu'ils se prennent mutuellement la tête aussi sur la nomenclature. Depuis la création de l'ICTV, les virologues ont rejeté la manière de nommer les espèces qu'ont les biologistes. 

à l'époque de l’article ils ont adopté les NLBNs, non latinized binomial names, mais j'ai l'impression que les virologues des virus végétaux poussent pour mettre du latin partout. WTF guys.

L'actuelle définition d'espèce virale semble assez stupide, ce que RegenMortel le Barbare (qui est très connu dans le milieu en fait : p (et a été directeur du comité exécutif de l'ICTV xD)) ) avance comme explications fait tout à fait sens et j'ai encore à trouver les contre arguments sensés dans la littérature.

En posant le degré de ressemblance de génomes comme critère de démarcation d'espèce, et même d'identification, on ne classifie pas des virus, mais des génomes. 

C'est peut être dans un but d'établir une phylogénie, mais même dans ce cas, ça ne comprend pas les échanges de moitié de génome qui se produisent de temps en temps.

ça m'énerve, personne ne parle de pourquoi on fabrique cette foutue classification.
Je comprends pas qu'ils discutent de comment fabriquer un outil (la classification) alors qu'ils ne semblent pas d'accord sur le cahier des charges de l'outil ou à quoi il est sensé être destiné.

Bref tout ça est très résumé, mais la joie c'est de découvrir, seulement maintenant, des articles plus récents qui traitent du sujet. Je crois que je vais les lire plus vite, maintenant que j'ai à peu près saisi les notions qu'il aborde.

Demain, je vais faire un bilan et sauvegarde en ligne de mes données, télécharger et imprimer et trier des articles...

5 Novembre - RegenMORTEL encore

2eme jour à éplucher la review de 2016 de Marc HV Van Regenmortel sur  les débats acuels autour de la classification et la définition d'espèce virale.

Il représente, dirons-nous, l'opposition aux choix du comité executif de l'ICTV (cependant ratifié par vote des membres) de changer la définition d'espèce virale en 2013.

Du coup, il détaille tout du pourquoi et du comment ; moins passif agressif que dans l'autre article, mais ce ne serait pas du Regenmortel si ça n'était pas condescendant, patronizing, avec la pointe de mépris qui va bien.

M'efforce de bien décortiquer ces débats car mon virus tombe pile dans le noeud du problème : où mettre ce truc, qui a un génome qui rentre dans la case mais qui est suffisement différent pour que ses propriétés (pathogénie surtout) dénotent dans le genre morbillivirus?

Suis en train de découvrir via cet article le Bionominalisme, balayé par l'auteur d'un revers de main bien sûr. Il prend quand même le temps d'expliquer en quoi ça consiste, et c'est intéressant, en parlerai probablement demain.

Lyn out

3 Novembre - C'est la faute à Parmenides

-Ai enfin fini de lire un article de... Sociologie, puisqu'il n'y a que ce domaine qui semble s'intéresser à l'influence de la culture sur la manière de classifier !!
"Cultural Discourses of classification : indigenous alternatives to the tradition of Aristotle (la turtle??), Durkheim and Foucault"
-Ai appris qui étaient Foucault, Durkheim,Parmenides, Berwick Sayer et Paula Gunn Allen (dont j'ai envie d'acheter les bouquins maintenant ><)

Ai mis du temps, pas du tout mon élément.

Je suis rassurée, mon instinct qui me disait que notre méthode de classification est étriquée et devient carrément obstruante à une évolution saine de la représentation du vivant, n'était pas un simple instinct de rébellion haha : p

En gros, 3 caractéristiques : exclusivité mutuelle (tu es en A donc pas en B) ; téléologie (progression linéaire vers un but) ; et hiérarchie (sigh) sont la base de nos modes de classification, construite sur les écrits des bourges grecs de -500 avant JC ;) Parmenides puis Aristote etc. 
C'est quand même Parmenides qui a lancé le courant de pensée "ce qui est est, ce qui n'est pas n'est pas", d'où finit par dériver notre fascination pour les classifications bien rangées où aucun élement n'appartient à aucune autre catégorie que la sienne.
c'était le premier à dire que la Terre était sphérique... et le centre de l'univers hum.

Bref, un gars intéressant ; 

Dans l'article, l'autrice explore comment nos 3 notions fondatrices de notre classification (nous européens et nos enfants américains qui avons conquis un bon bout de planète et colonisé quasiment toutes les cultures...) sont perçues et sont pertinentes dans d'autres cultures, indigènes,  ontologiquement.

Evidemment, elle met en évidence que ces 3 principes sont des principes choisis, construits, et limitants. (car dans d'autres cultures, d'autres preceptes de classification étaient choisis et viables)

Elle en conclut simplement que les créatueurs d'une quelconque classification devraient avoir mieux conscience de l'influence de notre propre culture sur la manière de classer, et donc ses limites (et avantages).

Et dans ma thèse?
Si les spécialistes bibliothécaires se soucient de leurs propres biais à ranger des livres, pourrait-on jeter un oeil à nos biais dans la manière de classifier les virus? 

Est-ce qu'ils veulent représenter le monde vivant ou est-ce qu'ils veulent rendre des infos spécifiques accessibles facilement?
Désolé, mais notre système actuel de classification ne permet plus ni l'un ni l'autre. Faudrait voir à choisir là.

15 Septembre

Après le rendez-vous matinal chez notre fée ; 

-téléchargement de google sheets sur la tablette
-mise de côté des derniers articles physiques de la partie classif
-identification d'un article pas lu dans le lot => à lire (2016 classes taxa and categories in hierarchial -virus classification : a review of current debates on definitions and names of virus species, un article français! CNRS Strasbourg)
-Création du présent journal de bord qui ne crois pas aux deuxièmes chances, seulement aux vingt millièmes, si t'arrives jusque là : D

-Journal de bord à mettre à jour après avoir gardé son mini neveu cet après-midi ; peut être que s'il est en contact d'abord avec de l'anglais qui parle de virologie il aura envie de prendre chinois plutôt en deuxième langue et aura de meilleures chances dans la vie : p